Někteří lidé považují exhumaci těla Jana Masaryka za zbytečnou, protože po tolika letech již nelze zjistit nové informace, které by měly praktický význam. Navíc se domnívají, že by se mělo soustředit na aktuálnější problémy. Existuje také skepticismus ohledně toho, co může moderní věda zjistit z ostatků po téměř 80 letech, a někteří lidé se domnívají, že exhumace nepřinese žádné nové důkazy, které by změnily historické chápání události.

Mnoho komentářů naznačuje, že smrt Jana Masaryka byla výsledkem vraždy, pravděpodobně spáchané komunisty nebo sovětskými agenty. Někteří diskutující zmiňují, že defenestrace byla běžnou metodou používanou k odstranění nepohodlných osob.