Mnozí komentátoři věří, že kauza Čapí hnízdo je zveličována kvůli politickým důvodům a že by se o ní nemluvilo, kdyby Andrej Babiš nebyl v politice. Někteří ji považují za nástroj opozice k diskreditaci Babiše.

Komentáře často vyjadřují obavy z politického vlivu na soudní rozhodnutí a zpochybňují nezávislost soudů. Někteří tvrdí, že soudní rozhodnutí jsou ovlivněna politickými zájmy a že existuje tlak na soudce.

Komentáře často kritizují dlouhou dobu, po kterou se kauza Čapí hnízdo táhne, a poukazují na neefektivitu českého soudního systému, který nedokázal kauzu rychle vyřešit.