Kaja Kallasová je často kritizována za své výroky a působení, někteří komentátoři ji považují za nekompetentní a její výroky za nebezpečné nebo zbytečné.

Komentáře často zpochybňují pravdivost tvrzení o ruských sabotážích v Evropě, poukazují na nedostatek důkazů a naznačují, že podobné informace jsou součástí propagandy nebo hysterie.