Mnoho komentářů vyjadřuje názor, že EET nepřináší očekávané finanční výnosy a představuje spíše administrativní zátěž pro podnikatele. Kritici tvrdí, že náklady na zavedení a provoz systému převyšují jeho přínosy a že EET neřeší problém daňových úniků efektivně. Dále je vnímáno jako nespravedlivé vůči malým podnikatelům, zatímco velké firmy a korporace zůstávají relativně nedotčeny. Systém může vést k uzavírání malých podniků, které nejsou schopny nést dodatečné náklady spojené s EET.

Komentáře často zmiňují, že EET nedokáže efektivně nahradit tradiční kontrolní mechanismy finančních úřadů. Kritici tvrdí, že systém neřeší problém obcházení daňových povinností a že skutečné daňové úniky se dějí na úrovni velkých firem, které EET nepostihuje.

Někteří komentující argumentují, že v době, kdy většina plateb probíhá elektronicky, je EET zastaralým řešením. Navrhují, že by bylo efektivnější zaměřit se na moderní platební metody a elektronickou fakturaci, které by mohly lépe sledovat finanční toky.

Někteří komentující považují EET za politický nástroj, který slouží k manipulaci veřejného mínění a k získání podpory voličů. Zmiňují, že sliby o finančních přínosech z EET jsou nadhodnocené a že skutečným cílem je posílení kontroly nad drobnými podnikateli.