Mnoho komentářů vyjadřuje názor, že exhumace ostatků Jana Masaryka je zbytečná, nedůstojná a nevede k žádným novým zjištěním. Kritizují také finanční náklady spojené s touto akcí a považují ji za mrhání penězi. Navíc někteří komentátoři vyjadřují názor, že by se měly řešit současné problémy místo zkoumání historických událostí, protože aktuální problémy zůstávají neřešené.

Komentáře se zabývají různými teoriemi o smrti Jana Masaryka, včetně možnosti vraždy, sebevraždy nebo nehody. Někteří diskutující spekulují o zapojení sovětských tajných služeb nebo komunistů, zatímco jiní zpochybňují, zda lze po tolika letech zjistit pravdu.