Evropská komise potvrdila střet zájmů Andreje Babiše a označila navržené řešení za nedostatečné. Komise chrání peníze, o jejichž rozdělování Babiš spolurozhoduje, a její stanovisko je pro něj irelevantní. Mnozí komentátoři se shodují, že Babiš by měl odstoupit z funkce premiéra kvůli nevyřešenému střetu zájmů, protože jeho setrvání ve funkci je považováno za neslučitelné s demokratickými standardy.

Existuje obava, že dotace pro Agrofert budou nakonec hrazeny z českého státního rozpočtu, pokud je Evropská unie neproplatí. To by znamenalo, že náklady ponesou čeští daňoví poplatníci.